В вымышленном японском городке 14-летняя школьница Мадока и ее подруга Саяка встречают загадочное магическое существо Кюбэй, которое предлагает исполнить любое их желание в обмен на их согласие стать волшебницами. Задача волшебниц — защищать человеческий мир от ведьм, злых созданий, черпающих свою силу в чужих страданиях. Для Мадоки это великолепный шанс защитить своих родных и близких, а также избавить мир от заполонивших его зла и насилия, как она всегда мечтала. Однако до того как она успевает ответить Кюбэю, сделку пытается сорвать другая волшебница по имени Хомура. Но ей это не удаётся, и Мадока вместе с Саякой превращаются в волшебниц. Лишь позже они узнают правду о том, кто же на самом деле эти загадочные ведьмы, с которыми им предстоит сражаться, а также познают истинную цену, которую им придётся заплатить за исполнение своих сокровенных желаний.