Заветные желания есть у каждого, девочка по имени Кобато не исключение. Она появляется в нашем мире, чтобы осуществить своё желание. Для этого Кобато должна помогать людям, исцелять их сердца, собирая печали и горести в специальную бутылочку. Как только эта волшебная бутылочка заполнится, желание Кобато исполнится.
В этом нелёгком деле у героини есть наставник по имени Иорёги, который в наказание за свои деяния был отправлен на землю в виде синей плюшевой собаки. Основной проблемой этой необычной пары является то, что Кобато, несмотря на всю свою старательность, слишком инфантильна и не очень представляет, как следует вести себя на земле.