Кандзо Хаттори, ученик ниндзя, оставляет свою родную деревню Ига, чтобы закончить обучение последним испытанием. Он должен добраться до города Эдо (Токио) и стать слугой первому человеку, которого он там встретит, всячески защищать его и помогать ему. Кроме того, Хаттори должен высянить, почему ниндзя из конкурирующей организации Кога процветают в то время, как ниндзя Ига фактически вымирают. И надо ж было такому случиться, что первым попавшимся на глаза Хаттори оказался 9-летний Кеничи, очень стеснительный мальчуган, совершенно непопулярный в школе. Но у Кеничи есть секрет: он влюбился в девочку Мидори, но слишком застенчив даже для того, чтобы просто заговорить с ней. Общаясь с новым другом Хаттори, Кеничи учится у него смелости. Но тем временем вокруг Хаттори сгущаются тучи со стороны конкурирующего клана ниндзя…