1889 год. 13 лет назад в королевстве Тортес произошёл государственный переворот, в ходе которого было уничтоженно древнее оружие, «Вавилонская Башня», управляемое одним из камней «Голубая Вода» и теоретически способное истребить всё живое на земле. Вместе с оружием погибло и королевство.
Выжившие разбились на две враждующие секретные организации — «Нео-Атлантис», возглавляемый бунтовщиками, пользующийся поддержкой императора Нео и ставящий целью захват мира, и «Наутилус», возглавляемый королём Тортеса, Немо. Теперь трио злодеев охотится за камнем «Голубая Вода» и его хранительницей Надей, ещё не знающей, что за артефакт она носит. Позднее, в охоту включается и «Нео-Атлантис», а Надя и трио присоединяются к Наутилусу.