1889 год. 13 лет назад в королевстве Тортес произошёл государственный переворот, в ходе которого было уничтоженно древнее оружие, «Вавилонская Башня», управляемое одним из камней «Голубая Вода» и теоретически способное истребить всё живое на земле. Вместе с оружием, погибло и королевство. Выжившие разбились на две враждующие, секретные организации — «Нео-Атлантис» возглавляемый бунтовщиками, пользующийся поддержкой императора Нео и ставящей целью захват мира и «Наутилус» возглавляемый королём Тортеса, Немо. Теперь, трио злодеев охотится за камнем «Голубая Вода» и его хранительницей Надей, ещё не зная что за артефакт она носит.