За окном 2029 год. К этому времени компьютерная сеть настолько усовершенствовалась, что возникла возможность создания разумных киборгов, интегрируемых в сеть. У киборга Кусанаги Мотоко человеческий разум, который позволяет ей занимать должность майора Девятого отдела, выполняющего функции защиты правительства. С тех пор, как в сети появился некий Кукловод, Девятый отдел потерял покой. Кукловод принадлежит к Шестому отделу и проводит всевозможные манипуляции над людьми используя сеть и запуская вирусы, с которыми весьма трудно бороться. Война Девятого и Шестого отдела в разгаре…