Спустя два года после ухода Мотоко Кусанаги из 9 отдела, команда сталкивается с новым делом, в центре которого фигурирует таинственный хакер по прозвищу Кукловод. Расследование массового похищения детей приводит к теневой организации, называемой Сообщество Крепкого Государства. Ниточки глобального заговора сводят вместе старых коллег, заставляя вновь делать непростой выбор между законом и справедливостью.