Малышу Соске 5 лет. Его отец — рыбак, часто уходит в плаванье, оставляя Соске вместе с его матерью в маленьком домике на вершине утёса. Каждый день Соске спускается поиграть к морю, а однажды находит возле берега красивую золотую рыбку, застрявшую в бутылке. Мальчик помогает рыбке выбраться из ловушки и узнаёт, что спасённая — вовсе не обычная золотая рыбка, а дочь морского колдуна и морской богини, и зовут её Рыбка Поньо. Поньо использует магию своего отца, чтобы превратить себя в маленькую девочку и подружиться с Соске. Однако её чары оказываются опасными для гармонии реального мира и могут вызвать настоящие стихийные бедствия. Чтобы не допустить катастрофы, дети должны развеять волшебство, а также найти другой способ исполнить мечту Поньо и превратить её в человека!