В далеком будущем Земля была уничтожена космическими пришельцами Гауна. Ее жители бежали в космос, превратив осколки родной планеты в гигантские корабли, но сбить врага со следа не удалось. «Сидония» один из кораблей-миров, что ищет новый дом, отбиваясь от Гауны, монстров-оборотней с каменной броней. Главная защита ковчега боевые роботы-Стражи, обладающие оружием, способным уничтожить чужаков.