Действие сериала разворачивается в 2369—2375 годах на космической станции «Дальний Космос 9», находящейся на орбите только что освобожденной от оккупации Кардассианской Империи планеты Бэйджор.
Волею случая в непосредственной близости от станции обнаруживается пространственная аномалия — коридор, связывающий Бэйджор с Гамма-квадрантом галактики. Это открытие превращает «Глубокий Космос 9» из фактически бесполезной станции в торговый центр.
Совершенно неожиданно через аномалию на орбиту Бэйджора вступают войска нового врага — Доминиона. Станция «Глубокий Космос 9» под командованием Бенджамина Сиско фактически оказывается на передовой военных действий и становится главной опорной точкой войск Федерации и ее союзников…